Głównym zabezpieczeniem spłaty kredytu hipotecznego jest oczywiście hipoteka ustanowiona na nieruchomości. Najczęściej ową nieruchomością jest lokal mieszkalny kupowany przez kredytobiorcę, choć banki nie wykluczają możliwości zabezpieczenia spłaty kredytu na nieruchomości należącej do osób trzecich.
Zabezpieczenie hipoteczne jest na tyle pewne dla banków, że mogą udzielić klientom kredytu na korzystniejszych warunkach, niż gdyby zastosowano inne zabezpieczenie spłaty kredytu. Z tego względu kredyty hipoteczne mają niższe oprocentowanie i prowizje, niż na przykład kredyty gotówkowe.
W chwili obecnej, w wyniku spadku cen nieruchomości na polskim rynku, okazuje się, że zabezpieczenie hipoteczne może być mniej warte niż sama wierzytelność bankowa. Jeśli dochodzi do takiej sytuacji, bank może zażądać od klienta dodatkowego zabezpieczenia już spłacanego kredytu mieszkaniowego. Najczęściej z takim działaniem banków mamy do czynienia w stosunku do kredytów walutowych, denominowanych we frankach szwajcarskich, które zostały udzielone kredytobiorcom przed okresem kryzysu gospodarczego na świecie.
Przed kryzysem nieruchomości w Polsce osiągały horrendalnie wysokie wyceny. Dziś ich wartość rynkowa zdecydowanie się obniżyła, a wraz z nią zabezpieczenie hipoteczne banku przy kredycie mieszkaniowym.
Komisja Nadzoru Finansowego ogłasza, że najprawdopodobniej w przypadku aż 250 tysięcy kredytów hipotecznych ich zabezpieczenie ma niższą wartość niż sama wierzytelność. Większość takich przypadków dotyczy wspominanych już powyżej kredytów we frankach szwajcarskich.
Banki monitorujące rynek nieruchomości, mogą nakazać klientowi umożliwienie powtórnego oszacowania wartości nieruchomości, stanowiącej zabezpieczenie hipoteczne w kredycie. Taki zapis powinien znaleźć się w umowie kredytowej bądź w regulaminie banku. Jeśli go nie ma, klient równie dobrze może odmówić bankowemu rzeczoznawcy umożliwienie przeprowadzenia wyceny. W przypadku, gdy wycena zostanie wykonana i potwierdzi ona, że nieruchomość ma niższą wartość niż kredyt, który zabezpiecza, najprawdopodobniej bank zażąda od klienta zmiany zabezpieczenia lub natychmiastowej częściowej spłaty zobowiązania. Dodatkowym zabezpieczeniem może być poręczenie bliskiej osoby, albo wykupienie ubezpieczenia nieruchomości, które zaoferuje kredytobiorcy bank. Generalnie, kredytodawcy nie powinni narzucać kredytobiorcom tego, w jaki sposób mają oni dodatkowo zabezpieczyć kredyt, ale najczęściej banki proponują doubezpieczenie kredytu, co oznacza wzrost kosztów kredytowych po stronie kredytobiorców.